Sequel II Iso-seq數據拆分測評速遞~
2019.06.24

此前,安諾基因公布了PacBio Sequel II 平臺的多批測試數據,Iso-seq及CLR文庫的單張SMRT?Cell產出均有不俗表現。隨著Sequel II 平臺測序通量的大幅提升,混樣測序的需求也接踵而至。近日安諾基因對兩批Iso-seq加barcode數據進行了上機測試,數據拆分比例均超過80%,各樣品的數據量產出也較為均勻。詳細結果請各位看官移目下方數據展示~

1、Iso-seq加barcode混樣測試一

樣品來源:人源total RNA樣品;

測序策略:8個樣品分別反轉錄加不同barcode建庫,文庫等量混合上機;

測序平臺:1張Sequel II 8M SMRT cell ;

測試結果:下機數據共獲得653萬條polymerase reads,平均酶讀長為57 kb,總數據量為370 Gb,去除接頭后,subreads總數據量363 Gb。 進一步使用Lima軟件對測試數據進行拆分,8個樣品共計獲得總數據為294 Gb,拆分比例為81%,獲得總的CCS reads 364萬條。從每個樣品的拆分來看,單個樣品獲得的reads數目有一定的不均一,但處在正常波動范圍,數據量最小的樣品也能滿足subreads>24 Gb,CCS reads數目超過35萬條。

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拆分前數據統計表

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拆分后數據統計表

2、Iso-seq加barcode混樣測試二

樣品來源:人、動物、植物來源的total RNA樣品;

測序策略:8個樣品分別反轉錄加不同barcode建庫,文庫等量混合上機;

測序平臺:1張Sequel II 8M SMRT cell ;

測試結果:下機數據共獲得528萬條polymerase reads,平均酶讀長為51 kb,總數據量為269 Gb,去除接頭后,subreads總數據量261 Gb。 進一步使用Lima軟件對測試數據進行拆分,8個樣品獲得總數據217 Gb,拆分比例為83%,獲得總的CCS reads 262萬條。從每個樣品的拆分來看,單個樣品的拆分均一性較上一次有顯著提升,數據均一性很好。

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拆分前數據統計表

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拆分后數據統計表

整體測試評價:

1. Sequel II 平臺Iso-seq測序單張SMRT cell 產出超過預期250 Gb,平均獲得的polymerase reads數目在500-600萬條左右,ZMW小孔利用率達到60%以上;

2. 單張SMRT cell同時混8個樣品數據有效拆分比例高達80%以上,符合預期70-80%的標準;

3. 不同樣本混樣由于定量準確性和文庫插入片段的大小分布不一,會造成各樣本的數據拆分不均一,但整體浮動不大;

4. 不同的物種、不同樣本類型,應根據研究目的選擇合適的數據量,目前來看1張Sequel II SMRT cell的產出的reads數目,足夠滿足絕大多數研究需求。

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數據量推薦

注:以上數據均來自已發表文章,使用PacBio RSII 或Sequel 平臺。根據文章中的測序reads數換算成Sequel及Sequel II平臺的相應數據量。

目前安諾基因在Iso-seq加barcode混樣測序方面已搭建出穩定運行的拆分流程,在拆分速度、拆分比率等方面均有良好表現。此外,多批下機數據顯示安諾基因的Sequel II平臺運行穩定,高水平的產出和質量可以滿足不同的科研需求,助力科研工作的開展,歡迎各位老師們前來咨詢、送樣~

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